A perda de refuxios considérase unha das principais ameazas para a conservación dos morcegos a nivel global (Entwistle et al., 1997; Kunz & Reynolds, 2003). É ademais unha ameaza recoñecida para o grupo en Galicia (Arcea, 2006), e potencialmente de grande importancia polas implicacións ecolóxicas que dela se derivan, aínda que pendente de avaliación.

Unha grande parte dos refuxios adoitan atoparse en construcións de moi variada tipoloxía e grao de utilización por parte do home, polo que abordar a súa protección efectiva non é tarefa sinxela, sendo con frecuencia unha importante fonte de conflitos, ata a data ignorados no noso territorio. Os problemas xorden cando se desexan abordar traballos de mantemento, rehabilitación e restauración (tellados, faiados, muros ...; edificacións completas), pero tamén se derivan de presenzas non aceptadas por medo ou pouca sensibilidade dos propietarios, pola existencia de ruídos, pola presenza de excrementos ou mexos que ensucian fachadas e estancias e xeran mal cheiro, ou pola ocupación de espazos que desexan ser utilizados polas persoas. Esta problemática acentúase en período reprodutor, cando os morcegos amósanse máis activos.

Débese lembrar ao respecto disto que a Directiva Hábitat obriga aos Estados membros á aplicación dun sistema de protección estrita dos lugares de reprodución e descanso dos morcegos, que garanta a súa funcionalidade ecolóxica.

Segundo o tipo de refuxios que selecciona, cada especie pode ter máis ou menos difícil atopar un refuxio alternativo. As especies máis esixentes á hora de atopar un novo, son aquelas que penduran do teito e que necesitan accesos amplos e ausencia de iluminación artificial nocturna nos seus arredores. Entre estas atópanse os morcegos de ferradura, e en especial o morcego grande de ferradura.