No Parque Nacional está confirmada a presenza de ao menos tres especies de morcegos (Arcea, 2009; Carro et al., 2001): o morcego común (Pipistrellus pipistrellus) está presente en todos os arquipélagos; o morcego espertello (Eptesicus serotinus) atópase en Cíes e Cortegada; e o morcego grande de ferradura (Rhinolophus ferrumequinum) rexistrouse en Ons e en Cíes. Ademais, tamén é posible a presenza do morcego mediterráneo de ferradura (Rhinolophus euryale) neste último arquipélago.